自1995年黨中央提出\"科教興國\"戰略以來,我國逐步確立了科技和教育是興國的手段和基礎的方針。針對日益增長的科研經費投入,國家各部委也相繼頒布了相關預算編制、經費支出等管理規定,但科研經費違規支出的現象屢禁不止。本文將違規情況的產生分為由于內部控制欠缺和由于預算編制不準確兩類進行分析。針對科研經費使用單位對預算編制不準確、對相關文件理解不透徹導致經費使用違規的現象進行了深入剖析。提出通過完善預算變更審批制度、從簽訂合同入手,規范預算明細編制以及結合本單位的經費管理政策,合理的編制預算能較好的規避違規現象的發生。